Ο χώρος αποκαλύφθηκε κατά τον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο. Ο πρώτος αρχαιολόγος που τον επισκέφθηκε ήταν ο Γ. Μπαλακάκης που τον ταύτισε με την αρχαία Ζώνη και το ακρωτήριο Σέρρειο. Η ΙΘ' ΕΠΚΑ άρχισε ανασκαφές το 1988 που συνεχίζονται μέχρι σήμερα.

Η Σπηλιά του Κύκλωπα, κατά την τοπική παράδοση αποτελούσε το λατρευτικό κέντρο των Ελληνικών Θεοτήτων της Θράκης. Σήμερα έχει αποκαλυφθεί ο νεολιθικός οικισμός που είναι από τους σημαντικότερους της Βαλκανικής.

Είναι το κατά την τοπική λαϊκή παράδοση γνωστό σπήλαιο του κύκλωπα Πολύφημου που ο Οδυσσέας τον τύφλωσε με ένα παλούκι, αφού πρώτα τον μέθυσε. Το σπήλαιο βρίσκεται στην παραλία της Μάκρης με ίχνη χρήσης από τη Νεολιθική Περίοδο χρονολογίας περ. 4.500 π.Χ., εντός του βράχου. Ο χώρος του αποτελείται από τρεις θαλάμους με λαξευμένες κόγχες και σκαλοπάτια. Επίσης το εσωτερικό του περιλαμβάνει πήλινες κατασκευές, αγαλματίδια και ειδώλια ζώων.

Στο σπήλαιο το οποίο έχει δύο χώρους, διακρίνονται σκαλοπάτια, δεξαμενές και παρατηρητήριο.

Ο χώρος κατοικήθηκε κατά την Νεολιθική περίοδο (5000 π.Χ.) στην περιοχή της Σπηλιάς. Τα πολλά κτίσματα που ήταν κατασκευασμένα από πηλό δημιούργησαν μικρό ύψωμα . Γύρω στο 1000 π.Χ. οι Θράκες είχαν ιδρύσει εδώ μικρό οικισμό.

Οι ΄Ελληνες άποικοι τον 7ο αιώνα π.Χ. αιώνα δημιούργησαν μικρό εμπορικό σταθμό, από τον οποίο σώζονται χώροι αποριμμάτων γεμάτοι αμφορείς. Στα ρωμαϊκά χρόνια κατασκευάστηκε ισχυρό αναλημματικό τείχος. Στη βυζαντινή εποχή ο χώρος χρησιμοποιήθηκε ως νεκροταφείο.

Σημαντικότερα μνημεία και αρχιτεκτονικά σύνολα της περιοχής θεωρούνται:

Νεολιθικός οικισμός.
Κατοικίες με δάπεδα, τοίχους πασσαλόπηκτους, φούρνους, εστίες.

Εμπορικός σταθμός κλασικών ρωμαϊκών χρόνων.
Διακρίνονται δύο αποθέτες,τείχος και κατοικίες.

Σπηλιά "του Κύκλωπα".
Μικρό σπήλαιο με δύο χώρους.

Λαξευτές κατασκευές.
Διακρίνονται σκαλοπάτια, κόγχες, δεξαμενές, παρατηρητήριο.

Επικοινωνία
Πόλη: Μάκρη, Ν. Έβρου
Τηλέφωνο: 25510 - 71219

Ωράριο λειτουργίας
Από 15 Ιουνίου  έως 31 Οκτωβρίου
Δευτέρα: 12.00-19.00